微生物基因组测序，是基于高通量测序平台对菌株样品基因组进行测序、组装、功能注释和结构比较等工作。细菌或真菌的重测序可以通过对单核苷酸多态性（SNP）、插入缺失（InDel）、结构变异（SV）等一系列变异信息的分析，解析其基因组间的性状特征和差异等。微生物基因组测序被广泛运用在临床、食品工艺、药物开发、疫苗开发等领域。