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体液样品环状DNA测序
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  • 2022-06-16 17:01:12

上海云序生物科技有限公司

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环状DNA简介
游离于染色体基因组之外的DNA (extrachromosomal DNA,ecDNA)被发现常常以环状的形式存在,这种形式的DNA被称为环状DNA (extrachromosomal circular DNA,eccDNA)。目前也习惯将巨大的环状DNA(>1Mb)称为ecDNA, 而将相对较小的环状DNA称为eccDNA。
传统观点认为真核基因组通常形成稳定的线性染色体。但最新的研究表明:无论是在正常体细胞还是癌细胞中,都存在大量染色体外环状DNA。近日,Nature杂志上发表了颠覆性研究成果:在肿瘤中,主要的癌基因转录本是直接来自于环状DNA的,而环状DNA的染色质是高度开放的,环状DNA的癌基因能够大量表达,同时缺乏丝粒,导致不遵照孟德尔定律进行遗传,这种特性使得环状DNA是驱动肿瘤异质性的重要机制。由此可见,由于其结构和表达的特异性,环状DNA可以影响细胞生命活动,促进肿瘤细胞演进和适应性进化,增加了基因组的可塑性和不稳定性。目前,环状DNA不仅仅可以作为一种新型特异的肿瘤标志物,还在肿瘤发生发展机理研究中发挥着重大的潜在价值。可以预见的是,环状DNA将迅速成为新的科研热点,甚至会对传统遗传学和基因组学带来革命性影响。

 

环状DNA形成的机理

目前研究表明,环状DNA是从染色体上断裂、环化或者额外复制产生的序列,其剪切加工机理主要提出有两种可能:(1)通过染色体异位同源重组环化(intrachromatid ectopic homologous recombination,HR);(2)通过非同源染色体末端连接环化(nonhomologous end-joining,NHEJ)。环状DNA形成是一个复杂的过程,更多环化方式有待探索。

环状DNA 形成模型示意图
环状DNA 形成模型示意图


技术简介
针对血清、血浆、尿液、脑脊液等微量的体液样品,云序生物参考卢煜明教授团队开发的方法,酶切去除线性DNA后,利用Tn5转座酶,打开环状DNA环状结构并同时在DNA片段两端加上接头,进行建库及测序。Tn5转座酶法效率高,损耗低,实现血液循环系统中微量的环状DNA的检测,双端测序,上机测序数据量24G。并且本产品能保留环状DNA的原始表达量,使得不同环状DNA间的表达量的比较更为准确。并通过严谨的环状DNA生信流程,实现了对环状DNA准确的识别和详细的基因注释。

云序生物血清血浆环状DNA测序流程示意图
云序生物体液样品环状DNA测序流程示意图

 

云序优势

适用于微量体液样品:
此法减少DNA损失,并保留原始表达量,不同环状DNA间表达量比较更准确
专业的生物信息学分析:
专业的生物信息学团队,开发了高效识别分析环状DNA的算法,满足客户的各类深入数据分析需求。
一站式服务:
客户只需提供血清、血浆、尿液、脑脊液等体液,云序生物为您完成从样品准备、环状DNA富集、文库制备、上机测序到数据分析整套服务流程。


样本要求
样品类型:
血清、血浆、尿液、脑脊液。
样品量:
血清、血浆:5mL
尿液:5-10mL
脑脊液: 5mL
样品运输及保存:
样品干冰运输。血浆需使用EDTA抗凝管(绿色盖子抗凝管),勿用肝素管取样。

 

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