蛋白质组学本质上指的是在大规模水平上研究蛋白质的特征，包括蛋白质的表达水平，翻译后的修饰，蛋白与蛋白相互作用等，由此获得蛋白质水平上的关于疾病发生，细胞代谢等过程的整体而多方面的认识。是系统地研究生物学规律和机制的成熟并且有效的工具。

分析方法

以质谱为基础的定量蛋白质组学，主要可以分成两类，第一种是稳定同位素标记的定量蛋白质组学，比如iTRAQ；第二种是非标记的定量蛋白质组学技术，比如label-free。iTRAQ定性定量结果更为准确，通量较高可同时标记2-8个样本，但是对样本数有一定限制且不适用于低丰度蛋白的定量，适合小样本量的项目；label-free检测肽段范围广，单次可鉴定和定量较多的蛋白质，但由于样品单独进行质谱检测所以重现性较低，在大量算法的基础上更适合大量样本的蛋白组研究。

蛋白组和转录组联合分析

蛋白质组学和转录组学都是系统地研究生物学规律和机制的成熟并且有效的工具，由于生命体是一个多层次、多功能的复杂结构体，所以单一组学技术不能全景地揭示生命活动的本质规律。采用蛋白质组学和转录组学技术同步检测蛋白质及RNA的整体状态，并且将这两个组学的数据整合起来分析，不仅能在蛋白质水平及转录水平两个不同层次上透视生命活动的规律与本质，还能揭示二者之间的相互调控作用或者关联。