蛋白质全谱分析也可称为质谱shotgun分析，指的是组分分析，研究对象是完整的组织、体液或其提取物，其目的在于鉴定出尽可能多的肽和蛋白质分子。其原理为将溶液内蛋白质分子或SDS-PAGE条带的复杂混合物酶解成肽段混合物，通过液相色谱分离，如2D-LC（阳离子柱SCX和C18反相柱串联）或1D-LC的C18反相柱，串联质谱测试，最后用相应的数据库进行检索匹配，可同时鉴定成百上千种蛋白质。基于质谱技术的全谱分析，可为蛋白高通量的定量和修饰分析提供参考信息。此外，将全谱分析数据和转录组数据结合，可相互补充并共同验证基因注释。