简化基因组测序（Reduced-Representation Genome Sequencing, RRGS）是指选用合适的限制性内切酶消化基因组DNA，选择其中的特征性目标片段，经二代测序和生物信息学分析，可不依赖参考基因组，就能获取基因组目标片段序列信息的技术。

经过对一些常见的简化基因组测序技术（如：RAD-seq、GBS等）进行综合对比，我们推荐2b-RAD和Super-GBS为科研用户提供服务。基于目前的项目经验，这两项技术已能互补应对大多数物种。

2b-RAD

2b-RAD技术使用IIB型限制性核酸内切酶（如BsaXI）对基因组DNA进行酶切，切割位点位于识别位点的左右两侧，酶切后产生等长的33 bp的标签， 这些标签经过富集后用于高通量测序， 通过生物信息学分析实现全基因组范围高通量SNP筛查和分型分析。

Super-GBS（Genotyping-by-Sequencing）

是基于GBS进一步发展出的简化基因组测序技术，其原理是使用限制性核酸内切酶将基因组DNA进行酶切，然后对酶切片段进行高通量测序，通过分析获得SNP信息并进行基因分型，是一种快速、简便、低成本的基因分型方法。

技术优势

2b-RAD

适用于降解样品、痕量样品（ng级DNA）

技术重复性好，标签长度一致、测序深度均一，SNP准确性和利用率高

助力发高水平文章

提供大片段缺失分析

项目经验丰富（项目物种涵盖动物、植物、微生物，共150多种；有参、无参均可）

Super-GBS

实验建库流程简单快捷

无参物种标记产出高

助力多倍体物种的研究

测序数据量不受基因组大小影响

有效避开重复序列

应用方向

高密度遗传图谱构建与QTL定位

全基因组关联分析（GWAS）

群体遗传/群体进化/系统发育

分子育种——分子标记辅助育种

分子育种——全基因组选择育种

种质资源鉴定——DNA指纹图谱

种质资源鉴定 — — 分子标记开发