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circRNA测序
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  • 2022-12-01 10:08:50

合肥麟美生物科技有限公司

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circRNAs(Circular RNAs,环状RNA)是一类不具有5' 末端帽子和3' 末端poly(A)尾巴、并以共价键形成环形结构的非编码RNA分子。circRNAs广泛存在于人和动植物中,是一类新的隐秘未知但却功能异常强大的非编码RNA。不同于线性RNA,circRNAs呈封闭环状结构,不受RNA外切酶影响,表达更稳定,不易降解。这种特性,预示circRNAs有巨大潜力成为新的临床诊断标志物。

最近的研究证实,circRNAs是ceRNA调控网络中的重要成员,可以像“海绵”一样大量吸附miRNAs,进而调控基因表达。然而,circRNAs隐秘的更强大的功能远未被发掘和阐释。

技术优势

◆ 文库优化:采用核糖体去除、链特异性文库构建、以及RNase R消化方案,既能获取完整的环状RNA和线性RNA序列,也可以仅保留环状RNA序列。

◆ 分析多方面:多方面分析和鉴定样本环状RNA和长链线性RNA(包括mRNA和lncRNA)。

◆ 方案系统:从circRNA发掘与表达分析,环状RNA与长链线性RNA互作分析,到ceRNA调控机制探析,由研究人员自由选择研究方案。

产品优势:

分析内容多方面:不限于对已知circRNA的研究分析,并设置严格的筛选条件预测新的circRNA;

数据信息量大:可一次性获得样本中几乎所有的circRNA信息,有利于提高后续分析结果的准确性和多方面性;

测序物种多元:对包括人类、动植物在内的许多物种的circRNA进行鉴定和分析;

标准生信分析

1.测序数据及其质量控制:

测序碱基质量值

测序数据产出统计

2.circRNA鉴定:

CircRNA的长度分布

CircRNA 的来源统计

已知CircRNA的注释

3.CircRNA的表达及差异表达:

CircRNA的表达水平分析

CircRNA差异表达分析结果

差异表达CircRNA筛选、

差异表达CircRNA聚类分析

4.差异CircRNA来源基因富集分析:

差异CircRNA来源基因的GO分类

差异CircRNA来源基因的GO富集层次分析

差异CircRNA来源基因的COG注释、

差异CircRNA来源基因KEGG注释

差异CircRNA来源基因KEGG通路富集分析

样品要求:

1.  样品类型:总RNA;

2.  样品浓度:≥200 ng/ul;

3.  样品总量:≥10ug;

4.  样品纯度:OD260/280为1.8~2.2,OD260/230≥1.0,260nm处有正常峰值;无基因组DNA污染;

5.  RNA完整性:电泳检测28S/18S≥1.5。(据送样日最近的电泳结果)

 

 

 

 

 

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