ChIP-Seq测序与分析 是指通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA 片段，并对其进行纯化和文库构建；然后对富集得到的DNA 片段进行高通量测序，通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的 DNA 区段信息，是目前在全基因组水平研究蛋白结合靶DNA序列的重要手段，为转录因子、组蛋白修饰、核小体定位等表观遗传学的研究提供有效方法。其将染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）与高通量测序（Sequencing）技术相结合，是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典实验方法。

实验流程

分析流程

该技术的主要优势：

1) 全基因组覆盖：ChIP-seq相较于传统的ChIP芯片，能够实现全基因组范围的、单碱基水平的蛋白结合位点筛选与鉴定；

2) 高灵敏度：每个样本可获得数百万条的序列标签，可发现研究基因组上稀有的蛋白结合位点；

3) 高精确率：可获得高水平的信噪比数据，准确区分真实事件与噪音，精确定位蛋白结合位点。

该技术在基础研究中的应用：

1) 应用于转录因子结合位点的研究：ChIP-seq技术广泛应用于与转录因子相关的生物学作用与相关机制的研究。分析转录因子在不同细胞、不同状态下所发挥的作用；

2) 应用于组蛋白修饰的研究：ChIP-seq技术亦常应用于研究组蛋白的修饰分布，通过观察组蛋白修饰的分布情况，进一步明确组蛋白修饰所发挥的生物学作用；

3) 应用于核小体定位研究：运用ChIP-seq技术研究核小体的分布规律，进而分析得知核小体对基因表达所产生的影响。